Trzeba mieć na uwadze to, że konsekwencją wszczęcia i prowadzenia kontroli podatkowej z naruszeniem obowiązujących w tym zakresie przepisów może być również tzw. bezwzględny zakaz dowodowy. Został on sformułowany w art. 46 ust. 3 Prawa przedsiębiorców i polega na tym, że dowody zebrane podczas obarczonej takimi wadami kontroli przedsiębiorcy – jeżeli miały istotny wpływ na jej wynik – nie mogą stanowić dowodu m.in. w dotyczącym go postępowaniu:

Zdając sobie sprawę z tego, że czynności kontrolne w firmie mogą oznaczać uciążliwość dla przedsiębiorców, ustawodawca ograniczył również łączną długość trwania kontroli, którą może przeprowadzić dany organ u podmiotów, o których mowa. Ograniczenia te zawarł w art. 55 ust. 1 Prawa przedsiębiorców. Zgodnie z powołanym przepisem czas trwania wszystkich kontroli organu kontroli u przedsiębiorcy w jednym roku kalendarzowym jest uzależniony od wielkości firmy i nie może przekraczać w odniesieniu do:

Przejęcie obowiązków związanych z rozliczeniami podatkowymi klienta wiąże się z odpowiedzialnością za prawidłową ich realizację. Wprawdzie to przede wszystkim przedsiębiorca odpowiada przed fiskusem za ewentualne błędy w tych rozliczeniach (mogąc następnie dochodzić odszkodowania od biura, które nienależycie wywiązało się z umowy, na drodze cywilnoprawnej) – jednakże w pewnych sytuacjach również przedstawiciele rozliczającego go biura mogą ponosić odpowiedzialność na gruncie przepisów prawa podatkowego. Będzie tak w razie utrudniania urzędnikom czynności kontrolnych, za co grozi kara porządkowa w wysokości do 2.800 zł, nakładana na podstawie art. 262 Ordynacji podatkowej. Wskazuje na to treść art. 262 § 3 pkt 3 Ordynacji podatkowej, w którym jest mowa o tym, że przepisy dotyczące nakładania tej kary stosuje się również do osób, którym podatnik zlecił prowadzenie lub przechowanie ksiąg podatkowych lub dokumentów będących podstawą zapisów w tych księgach (biura rachunkowe), jeżeli osoby te bezzasadnie odmówią okazania lub nie przedstawią w wyznaczonym terminie ksiąg rachunkowych lub dokumentów będących podstawą zapisów w tych księgach.

Jeśli kontrolowany ma zastrzeżenia do sposobu wszczęcia i prowadzenia kontroli, to wolno mu skorzystać z prawnych narzędzi w celu ochrony swoich interesów. Jednym z nich jest prawo do wniesienia tzw. sprzeciwu, przysługujące na podstawie przepisów ustawy Prawo przedsiębiorców. W myśl art. 59 ust. 1 tej ustawy możliwość wniesienia sprzeciwu dotyczy m.in. takich przypadków jak brak zawiadomienia przedsiębiorcy przez organ o zamiarze przeprowadzenia kontroli, podjęcie jej bez okazania legitymacji służbowej i upoważnienia do przeprowadzenia kontroli, wykonywanie czynności kontrolnych podczas nieobecności kontrolowanego lub osoby przez niego upoważnionej,prowadzenie w stosunku do przedsiębiorcy więcej niż jednej kontroli w tym samym czasie czy przekroczenie czasowego limitu trwania wszystkich kontroli.

Zasadą jest, że w ramach kontroli podatkowej związanych z nią czynności organ może dokonywać nie tylko w siedzibie kontrolowanego, ale również w innym miejscu przechowywania dokumentacji oraz w miejscach związanych z prowadzoną przez niego działalnością (art. 285a § 1 Ordynacji podatkowej). Oznacza to, że jeżeli np. rozliczeniami podatkowymi przedsiębiorcy na podstawie zawartej umowy zajmuje się biuro rachunkowe i tam znajduje się związana z tymi rozliczeniami dokumentacja, to czynności kontrolne mogą się odbywać również w siedzibie tego biura, mimo że to nie ono będzie objęte tą kontrolą (więcej na ten temat znajdziesz w dalszej części artykułu). Co więcej, jeżeli kontrolowany wyrazi na to zgodę, to wspomniana kontrola albo poszczególne związane z nią czynności mogą być też przeprowadzane w siedzibie organu podatkowego (np. urzędu skarbowego), jeżeli:

Zakres praw i obowiązków biura rachunkowego powinien być szczegółowo unormowany w zawartej z klientem umowie, np. o świadczenie usług księgowych. Wskazane jest, aby w takiej umowie były również uregulowane kwestie związane z przeprowadzaniem kontroli rozliczeń tego klienta przez upoważnione organy.

Wspomniane wcześniej sankcje pieniężne to nie jedyne dolegliwości mogące spotkać podmiot, który utrudnia kontrolującym wykonywanie czynności służbowych. Musi się on bowiem liczyć z tym, że w przyszłości nie będzie uprzedzany przez fiskusa o kolejnych kontrolach.

Uproszczonym sposobem rozpoczęcia czynności kontrolnych jest tzw. kontrola na legitymację. Polega ona na rozpoczęciu czynności kontrolnych jedynie po okazaniu kontrolowanemu przez urzędników ich legitymacji służbowych. W świetle art. 284a § 1 Ordynacji podatkowej stosuje się ją wtedy, gdy czynności kontrolne są niezbędne do przeciwdziałania popełnieniu przestępstwa skarbowego lub wykroczenia skarbowego albo do zabezpieczenia dowodów jego popełnienia. Praktyka pokazuje, że tego rodzaju instrument prawny jest szczególnie przydatny w przypadku stwierdzania i dokumentowania naruszeń przepisów związanych z kasami rejestrującymi, gdy np. pracownicy urzędu są świadkami sprzedaży dokonywanej przez podatnika – wbrew obowiązkowi – z pominięciem takiego urządzenia i bez omawianych uprawnień nie mogliby na to skutecznie zareagować. Wskazany tryb wszczęcia kontroli nie oznacza jednak, że są oni całkowicie zwolnieni od obowiązku doręczenia objętemu nią podmiotowi upoważnienia do jej przeprowadzenia. Przepisy nakazują bowiem obowiązek dokonania wspomnianego doręczenia bez zbędnej zwłoki, jednak nie później niż w ciągu 3 dni roboczych od dnia wszczęcia kontroli (art. 284a § 2 Ordynacji podatkowej). Dokumenty z czynności dokonanych z naruszeniem tego obowiązku nie będą mogły stanowić dowodu w ewentualnym późniejszym postępowaniu podatkowym.

Jednym z najważniejszych obowiązków kontrolowanego jest zapewnienie kontrolującym dostępu do ksiąg podatkowych, przy czym dotyczy to również sytuacji gdy są one przechowywane w innym miejscu niż jego siedziba. Jeżeli miejscem przechowywania ksiąg jest biuro rachunkowe, wówczas to na nim będzie spoczywać powinność udostępniania ksiąg jego klienta organom przeprowadzającym kontrolę. Dodatkowo biuro w przypadku przeprowadzanej w jego lokalu kontroli podatnika (klienta) będzie także musiało m.in.:

Niewywiązywanie się z obowiązków nałożonych w związku z przeprowadzaną kontrolą grozi dotkliwymi sankcjami. Na przykład, jeżeli kontrolowany bezzasadnie odmówi okazania lub nie przedstawi w wyznaczonym terminie dokumentów, których obowiązek posiadania wynika z przepisów prawa, ksiąg podatkowych i dowodów księgowych będących podstawą zapisów w tych księgach (np. faktur zakupowych) – to musi liczyć się z tym, że fiskus nałoży na niego karę porządkową w wysokości do 2.800 zł. Takie same skutki mogą spowodować bezzasadna odmowa bądź opóźnienie w przekazaniu kontrolującym tłumaczeń dokumentów sporządzonych w języku obcym, z naruszeniem wyznaczonego terminu (art. 262 § 1 Ordynacji podatkowej). Wprawdzie regulacje dotyczące nakładania kar porządkowych zostały zawarte w dziale IV Ordynacji podatkowej, zatytułowanym „Postępowanie podatkowe”, jednakże na podstawie art. 292 tej ustawy wolno je stosować także w trakcie prowadzonej przez organ podatkowy kontroli podatkowej.

Urząd skarbowy nie zawsze jednak ma obowiązek uprzedzać podatników o planowanym sprawdzeniu ich rozliczeń podatkowych. W wyjątkowych bowiem przypadkach ma prawo rozpocząć taką kontrolę bez uprzedniego doręczenia zawiadomienia o zamiarze jej wszczęcia. Przypadki te zostały wymienione w art. 282c Ordynacji podatkowej, a w odniesieniu do ogółu podmiotów prowadzących działalność gospodarczą – w art. 48 ust. 11 Prawa przedsiębiorców. I tak, w świetle pierwszego z powołanych przepisów podatników nie informuje się o zamiarze wszczęcia kontroli m.in. w przypadkach gdy ta kontrola:

Trzeba jednak pamiętać o tym, że nie zawsze złożenie korekty deklaracji wywoła oczekiwane przez podatnika skutki. Naprawienie w ten sposób błędów w rozliczeniach nie jest bowiem możliwe w przypadku gdy u podatnika trwa właśnie kontrola podatkowa. Wyraźnie wskazuje na to treść art. 81b § 1 Ordynacji podatkowej, w której jest mowa o tym, że uprawnienie do skorygowania deklaracji:

Jednym z dodatkowych obowiązków nałożonych na przedsiębiorców pod kątem urzędowej weryfikacji ich działalności oraz związanych z nią rozliczeń jest posiadanie „książki kontroli”. Obowiązek ten został wprost sformułowany w art. 57 Prawa przedsiębiorców, z którego treści wynika, że przedsiębiorca powinien taką książkę nie tylko prowadzić, ale również przechowywać w swojej siedzibie. Na tej samej zasadzie musi on przechowywać również upoważnienia i protokoły kontroli. Przepisy nakazują także, aby taką książkę niezwłocznie okazał kontrolującym w przypadku wszczęcia kontroli w jego firmie. Dzięki temu będą oni wiedzieli, kiedy były u niego wcześniejsze kontrole i co obejmowały. W tego rodzaju książce powinny bowiem znajdować się wpisy zawierające oznaczenie organu, który przeprowadził kontrolę oraz upoważnienia do niej, przedmiotowy zakres kontroli, a także daty jej podjęcia i zakończenia. Taka wiedza jest również przydatna dla samego przedsiębiorcy, ponieważ dzięki temu łatwiej jest mu kontrolować, czy urzędnicy nie przekroczyli przepisowych norm odnośnie liczby i czasu przeprowadzonych u niego kontroli (o czym później).

Aby pracownicy fiskusa mogli przeprowadzić u podatnika kontrolę podatkową, muszą legitymować się pisemnym upoważnieniem do jej przeprowadzenia, wydanym przez naczelnika urzędu skarbowego (lub jego zastępcę). W takim dokumencie powinny być zawarte m.in. następujące informacje: oznaczenie organu; data i miejsce wystawienia; wskazanie podstawy prawnej; imię i nazwisko kontrolującego (kontrolujących); numer legitymacji służbowej kontrolującego (kontrolujących); oznaczenie kontrolowanego; określenie zakresu kontroli; data rozpoczęcia i przewidywany termin zakończenia kontroli; podpis osoby udzielającej upoważnienia, z podaniem zajmowanego stanowiska lub funkcji; pouczenie o prawach i obowiązkach kontrolowanego (art. 283 § 2 Ordynacji podatkowej).